Климатът в Кюстендил е трансконтинентален Средиземноморско влияние. Лятото е дълго и топла, зимата е мека и къса, а есента е дълга и топло. Наличието на сероводород, хидросулфид и сулфид в минералната вода в Кюстендил ги правят много полезни за сърдечно-съдови заболявания, ревматични заболявания, травматични заболявания, нервни заболявания, гинекологични заболявания, мъжки полови заболявания, кожни заболявания, остеопороза, кариеспрофилактика.
